Trường Tiểu học Lộc Thọ được thành lập năm 2002 theo Quyết định Trường được thành lập năm 2002 theo Quyết định số số 547/QĐ-GDĐT-TC, ngày 18 tháng 7 năm 2002 của Sở GDĐT tỉnh Khánh Hòa. Trường nằm ở nội thành trung tâm thành phố thuộc phường Lộc Thọ, thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa. Khi mới thành lập, cơ sở vật chất nhà trường còn nhiều thiếu thốn. Trải qua  22 năm xây dựng và trưởng thành, nhà trường đã vượt mọi khó khăn, thử thách, không ngừng phấn đấu xây dựng và phát triển toàn diện cả về quy mô, cơ sở vật chất và chất lượng giáo dục, đáp ứng yêu cầu đổi mới giáo dục và khẳng định vị thế nhà trường trong hệ thống giáo dục của địa phương.

Năm 2011-2012, trường được nhận Huân chương lao động Hạng Ba theo QĐ số 41/QĐ-CTN ngày 12/01/2012 của Chủ tịch nước Cộng hòa XHCNVN; Năm 2014-2015, trường thực hiện đánh giá ngoài đạt kiểm định chất lượng cấp độ 3 theo QĐ số 1184/QĐ-SGDĐT ngày 20/11/2014. Năm 2017-2018, trường được nhận Huân chương lao động Hạng Nhì theo QĐ số 48/QĐ-CTN ngày 15/01/2018 của Chủ tịch nước Cộng hòa XHCNVN; Năm học 2020-2021 trường thực hiện đánh giá ngoài đạt kiểm định chất lượng cấp độ 3 theo QĐ số 17/QĐ-SGDĐT ngày 02/3/2021 của Giám đốc Sở GD&ĐT và chuẩn quốc gia Mức độ 2 theo quyết định số 857/QĐ-UBND ngày 4/4/2021 của Chủ tịch UBND thành phố Nha Trang. Năm 2021-2022, trường được nhận Huân chương lao động Hạng Nhất theo QĐ số 1440/QĐ-CTN ngày 02/12/2022 của Chủ tịch nước Cộng hòa XHCNVN;

Nhà trường đã tích cực tham mưu với UBND thành phố, Phòng GD&ĐT Nha Trang, cấp uỷ  Đảng, chính quyền địa phương trong việc đầu tư xây dựng cơ sở vật chất. Đến nay, ngôi trường đã khang trang, xanh - sạch - đẹp. Cơ sở vật chất và các trang thiết bị dạy học được trang bị theo hướng hiện đại. Hằng năm, chất lượng giáo dục của nhà trường luôn được nâng cao và đạt được những thành tích: Chi bộ hoàn thành tốt nhiệm vụ trở lên; trường đạt tập thể Lao động xuất sắc; Công đoàn hoàn thành Xuất sắc nhiệm vụ, Liên đội mạnh cấp TP, tỉnh.

Hiện nay tập thể cán bộ, viên chức và học sinh trường Tiểu học Lộc Thọ luôn cố gắng phấn đấu, hoàn thiện, duy trì vững chắc kết quả đã đạt được của trường đạt Chuẩn quốc gia Mức độ 2 và kiểm định chất lượng Cấp độ 3.